Жоба колоректальды қатерлі ісік факторларын (КҚІ) зерттеуге арналған, атап айтқанда Fusobacterium nucleatum-ның ісік жасушаларымен байланысын, зардап шеккен тоқ ішек тінінің ақуыз құрамының өзгеруін және ісік микроортасының өзгеруін зерттеуге арналған. Ауру колоректальды қатерлі ісік өлім таралуының жоғары деңгейіне байланысты бүкіл әлемде өзекті болып қала береді. Колоректальды қатерлі ісіктің даму этиологиясы көп қырлы және адамның өмір салтымен, әдеттерімен, генетикасымен байланысты. Канцерогенезге ықпал ететін қауіп факторларының ішінде Fusobacterium nucleatum инфекциясы ғылыми қызығушылық тудырады, өйткені. зерттеу нәтижелері бойынша ісіктің өсуі мен даму процесіне белсенді қатысады. Сонымен қатар, онкологиялық аурумен байланысты бірқатар бактериялар ісіктің дамуы үшін қолайлы микроортаның қалыптасуына қатысады. Тоқ ішек тінінің қатерлі ісігі кезінде оның ақуыздық құрамы өзгереді, осы аспектіні зерттеу кез-келген заңдылықты анықтап, қызықты қорытындыларға әкелуі мүмкін. КҚІ факторларын зерттеу география мен этникалық топтарға тән, бұл аурудың таралуы мен болжамына әсер етуі мүмкін.
РНҚ секвенирлеу (RNAseq) колоректальды қатерлі ісіктің дамуына қатысатын патогендердің транскриптомдық профилін зерттеудегі ең тиімді құрал болып табылады, өйткені ол ген экспрессиясының дифференциалды заңдылықтарын анықтайды. Зерттеу объектісі біз бұрын зерттеген толық геномы бар, КҚІ бар қазақстандық пациенттен оқшауланған Fusobacterium nucleatum клиникалық штаммы болады.
Колоректальды қатерлі ісік жасушаларымен модуляцияланған Fusobacterium nucleatum транскриптомдық профилін зерттеу, тоқ ішек тінінің протеомдық профилін және колоректальды қатерлі ісікпен байланысты бактериялардың тұқымын зерттеу.
Осы жобаны іске асыру нәтижесінде колоректальды қатерлі ісік жасушаларымен модуляцияланатын қазақстандық пациенттен алынған Fusobacterium nucleatum клиникалық штаммының транскриптомдық бейіні алғаш рет зерттелетін болады, сондай-ақ ағзаның қатерлі ісікке дейінгі жай-күйін және колоректальды қатерлі ісікпен байланысты бактериялардың себілуін сипаттайтын тоқ ішек тіндерінің протеомдық бейіні зерттелетін болады. Осылайша, нәтижелер бактерияның хост жасушаларымен әрекеттесу әрекетін түсінуге мүмкіндік береді; қандай гендер F. nucleatum анықталатын болады молекулалық процестің негіздері туралы түсінік беретін хост жасушаларының инвазиясы үшін қосылады, бұл нәтижелер инфекцияны емдеу әдістерін әзірлеу үшін пайдаланылуы мүмкін. Зерттеудегі сандық және сапалық сипаттамалар нәтижелердің негізділігі мен маңыздылығын растайды.
Кулмамбетова Гүльмира Нигметжановна, PhD, жоба жетекшісі – Ұжымдық Пайдаланудағы Ұлттық Биотехнология Ғылыми Зертханасының жетекші ғылыми қызметкері, Ұлттық Биотехнология Орталығы, (Астана, Қазақстан). Г. Н. Кулмамбетованың ғылыми қызметінің бағыты – медицинадағы биотехнология. Зерттеу жұмысы биотехнология, молекулалық биология, генетика, микробиология және статистика әдістерін генетикалық және статистикалық деректерді талдау және түсіндіру үшін қолдануға бағытталған (логикалық, векторлар, датафрейм, айнымалылар, полиморфизмдер, мутациялар, жалғасы), сондай-ақ оларды талдаудың жаңа әдістері мен тәсілдерін әзірлеуге бағытталған. Web of Science мәліметтері бойынша Г. Н. Кулмамбетованың Хирш индексі (h-индексі) 3-ке тең (https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=56387533800 ).
Жоба жетекшісін қоса алғанда, жобаның зерттеу тобының негізін Ұлттық Биотехнология Орталығының жас ғылыми қызметкерлері құрайды:
1-зерттеуші – Курентай Ботакөз Амандосқызы – Биотехнология магистрі, Ұжымдық Пайдаланудағы Ұлттық Биотехнология Ғылыми Зертханасының зертханашысы, ҰБО. Л. Н. Гумилев атындағы Еуразия Ұлттық Университетін бітірген. Нуклеин қышқылын алу, ПТР қою, нақты уақыт режимінде ПТР қою, Сенгер бойынша секвенирлеу әдістерін меңгерген.
2-зерттеуші – Гусмаулемова Алуа Дәуренқызы – вирусология магистрі, Ұжымдық Пайдаланудағы Ұлттық Биотехнология Ғылыми Зертханасының зертханашысы, ҰБО. Әл-Фараби атындағы Қазақ Ұлттық Университетін бітірген. Нуклеин қышқылын алу, ПТР қою, нақты уақыт режимінде ПТР қою, Сенгер бойынша секвенирлеу әдістерін меңгерген.
3-зерттеуші – Кумашева Венера Төлегенқызы, Еуразия Ұлттық Университетінің ғылым магистрі, ҰБО ғылыми қызметкері. 2008 жылы Еуразия Ұлттық Университетінде “Биотехнология” мамандығы бойынша бакалавр дәрежесін алды. 2010 жылы “Биотехнология” мамандығы бойынша магистр дәрежесін алды. 2013 жылдан 2014 жылға дейін профессор Inpyo Choi (Теджон, Оңтүстік Корея) жетекшілігімен Кореяның Биосценция және биотехнология институтында ағындық цитометрия бойынша ғылыми тағылымдамадан өтті. Жасушалық және тіндік инженерлік технологиялар бойынша 15 жылдық жұмыс өтілі бар. Жобадағы жұмыспен қамту – 0,5.
2024 ж.
Жобаны іске асырудың осы кезеңінде зерттелген геномдық жалғасы бар Fusobacterium nucleatum штамдары өсірілді. Fusobacterium nucleatum өсіру анаэробты жағдайда селективті ортада жүргізілді. Fusobacterium nucleatum бар in vitro колоректальды қатерлі ісік жасушаларының өсіру жағдайлары оңтайландырылды. Бактерия арқылы жасуша сызығының инвазиясының үлгісі сыналды. Колоректальды қатерлі ісікпен байланысты бактериялардың таралуы да зерттелді. КҚІ (p < 0,05) бар науқастардың ісік және қалыпты тіндерінде F. nucleatum жиілігінің маңызды таралуы анықталды. qPCR деректері мен клиникалық сипаттамаларынан алынған цикл шегі (Ct) мәндерін қолданатын статистикалық талдау ісіктің мөлшері, оның орналасуы және өңделген етті тұтыну F. nucleatum (p < 0,05) таралуымен айтарлықтай байланысты екенін көрсетті. Ісік тіндеріндегі B. fragilis және E. coli таралуының маңыздылығы қалыпты тіндерге қарағанда сәл жоғары болды (p < 0,1) және өңделген/қызыл етті тұтыну осы бактериялардың таралуына әсер етті (p < 0,05).