Бұл ғылыми жобаның негізгі мақсаты флавивирус тектес өкілі – сары қызба вирусымен байланысты жасушаішілік репликация кешенінің ақуыз құрамын жан-жақты сипаттау болып табылады. Зерттеу жұмысы жануарлардың әр түрлері бойынша репликация кешендерінің интерактомдарын салыстыруға және вирустық репликация үшін маңызды жасушалық ақуыздарды анықтауға бағытталған. Бұл жобаның маңыздылығы жақында аяқталған пандемиямен атап көрсетіледі, дәрі-дәрмектің дамуын жеделдету үшін вирустық репликация үрдістерін тереңірек түсінудің маңыздылығына баса назар аудару. Қазіргі уақытта вирустық репликация кешенінің ақуыз құрамы, вирустық геномды репликациялауға жауап беретін жасушаішілік құрылым көптеген сүтқоректілер мен адам вирустары үшін толық зерттелмеген. Біздің ұсынып отырған жоба – рекомбинантты сары қызба вирусының қатысуымен атқарылады, ондағы құрылымдық емес ерекше ақуыздар, атап айтқанда NS1 немесе NS2A жасыл флуоресцентті ақуызымен (GFP) біріктірілген. Бұл таңбаланған ақуыздар әртүрлі жасуша линиялары инфекциясын жеңілдетеді, репликация кешенінің оқшаулау және тазарту мүмкіндігін береді. Келесі қадамдар тығыздық градиентінде фракциялау арқылы вирустық репликация кешенімен байытылған жасушаішілік фракцияларды бөлу және GFP-мен таңбаланған ақуыздардың иммунопреципитациялауын қамтиды. Мақсаты: анти-GFP сорбенттерінде иммуноаффинді хроматография арқылы вирустық репликация кешенінің максималды тазалығына қол жеткізу. Бұдан басқа, репликация кешені ақуыздарының масс-спектрометриялық идентификациясы тандемдік масс-спектрометриямен (LC-MS/MS) біріктірілген сұйық хроматографияны қолдану арқылы жүргізіледі. Сары қызба вирусын қолдану арқылы көрсетілген тәсіл – түрлі жағдайларды ескере отырып бейімдеу арқылы әртүрлі вирустар үшін қолдануға болады. Бұл, өз кезегінде, вирусқа қарсы дәрі-дәрмектерді жасау үшін маңызды жасушаішілік нысаналарды анықтауға жол ашады. Біз ұсынып отырған әдістің ерекшелігі, оның репликация кешені ішіндегі вирустық және жасушалық ақуыздардың өзара әрекеттесуіне бағытталғандығында. Әдебиеттерде көрсетілген вирустық ақуызбен-ақуыздың өзара әрекеттесуіне немесе генетикалық тәсілдерге баса назар аудартатын әдістерден айырмашылығы, біздің жоба әртүрлі вирус/жасуша линиялары комбинацияларынан вирустық репликация кешендерінің масс-спектрометриялық талдауын ұсынады. Бұл инновациялық әдіс репликация кешенінің түзілуіне қажет және вирустық репликация үрдісі үшін маңызды жасушалық ақуыздарды анықтауды жеңілдетеді. Бұған қоса, аталған жобада вирустық репликация кешені ақуыздарының құрылымдық тұрақтылығы туралы динамикалық түсініктерді қамтамасыз ету үшін сутегі алмасу масс-спектрометриясы қолданылады, бұл вирустық репликация үрдісі және дәрі-дәрмекті нысанаға бағыттау үшін маңызды конформациялық өзгерістер туралы түсінігімізді жақсартатын қосымша әдіс-тәсіл.
Бұл зерттеу вирус-қожайын арасындағы өзара әрекеттесуі туралы түсінікті ілгерілетудегі алғы қадамды білдіреді және нысаналы вирусқа қарсы шараларды дамытуға айтарлықтай үлес қосуы мүмкін. Әлеуметтік-экономикалық тұрғыдан алып қарағанда, бұл зерттеудің нәтижелері Қазақстандағы білімге негізделген экономиканың дамуына ықпал ете алады. Бұл жобадан алынған білім мен тәжірибе вирусология, молекулалық биология және алдыңғы қатарлы аналитикалық әдістер салаларында білікті жұмыс күшінің өсуін ынталандыруға, елде инновациялар мен зерттеулер мәдениетін дамытуға ықпал ете алады, себебі бұл бағыттар әлі жақсы дамымаған.
Жобаның мақсаты – сары қызба вирусымен байланысты жасушаішілік репликация кешенінің ақуыздық құрамын жан-жақты сипаттау, әр түрлі ағзалардағы репликация кешенінің интерактомдарын салыстыру және репликация үрдісі үшін қажет жасуша ақуыздарын анықтау.
Жобаны іске асыру нәтижесінде келесі іс-шаралар жүзеге асырылатын болады:
Тарлыков Павел Викторович – Ph.D. докторы, қауымдастырылған профессор, ЖШС «Ұлттық биотехнология орталығы» протеомика және масс-спектрометрия зертханасының меңгерушісі.
Геномика, протеомика және масс-спектрометрия салаларының маманы, 100-ден астам ғылыми жұмыстардың авторы, Хирш индексі – 11 (Scopus). «Болашақ» бағдарламасы бойынша магистратураны аяқтады (АҚШ, Montana State University, 2007-2009). Дүниежүзілік ғалымдар федерациясының стипендиаты (Швейцария, 2010). Францияда (Institute Gustave-Roussy, 2011-2012), Ресейде («Академик Н.П. Бочков атындағы медициналық генетикалық зерттеу орталығы», 2012) тағылымдамадан өтті. Хирш индексі –11 (Scopus). ResearcherID C-2587-2012, ORCID 0000-0003-2075-307, Scopus Author ID 35076539700.
Шустов Александр Вячеславович – биология ғылымдарының кандидаты, «Ұлттық биотехнология орталығы» ЖШС генетикалық инженерия зертханасының меңгерушісі. University of Alabama (АҚШ) микробиология департаментінің, University of Texas (АҚШ) медициналық филиалының микробиология және иммунология департаментінің ғылыми қызметкері, сондай-ақ Ресейдің «Вектор» вирусология және биотехнология мемлекеттік ғылыми орталығының ғылыми қызметкері. Микроағзалардың генетикалық инженериясы, вирусология, сүтқоректілер мен бактерия жасушаларындағы экспрессия жүйелерінің биоинженериясы, рекомбинантты нәруыздарды алу саласындағы маман. Соңғы 5 жыл ішінде ол вирус тәрізді бөлшектерді жасау және вирус тәрізді бөлшектер түрінде антигенді экспрессиялау жүйелерін дамыту жобаларын басқарды. Хирш индексі – 12 (Scopus), ORCID ID – 0000-0001-9880-9382, Scopus ID – 57211989685.
Атавлиева Сабина Шамшиддинкызы, ҰБО протеомика және масс-спектрометрия зертханасының ғылыми қызметкері, жаратылыстану ғылымдарының магистрі. Хирш индексі –5 (Scopus), ORCID 0000-0002-7565-9454, ScopusAuthorID 57204157988. Протеомика және масс-спектрометрия салаларының маманы
.Ауганова Дана Нурлановна – ҰБО протеомика және масс-спектрометрия зертханасының кіші ғылыми қызметкері, жаратылыстану ғылымдарының магистрі. Молекулалық биология саласының маманы. Протеомика, протеолиз және HDX-MS әдістерін меңгерген. Хирш индексі – 3 (Scopus). Scopus Author ID 57367752100.