Өзектілігі

Құстардың жұқпалы бронхиті (ҚЖБ) – барлық түрдегі және жастағы құстардың жедел, өте жұқпалы респираторлық ауруы, бүкіл әлемде құс шаруашылығына орасан зор зиян келтіреді. Инфекцияны тудыратын жұқпалы бронхит вирусы (ҚЖБ) өте өзгермелі; көптеген серотиптері белгілі. Бір серотиппен инфекция немесе иммундау вирустың басқа серотиптері тудыратын инфекциядан ішінара ғана қорғауды қамтамасыз етеді. Қазақстанда ҚЖБ-не молекулалық-генетикалық мониторингі жүргізілмейді. Инфекцияға қарсы тиімді шараларды әзірлеу үшін бүкіл елде айналымда жүрген ҚЖБ генетикалық нұсқаларын анықтау қажет. Белгілі бір аймақта айналатын вирустық штамдарға қарсы гомологиялық вакцинаны қолдану инфекцияны бақылаудың ең жақсы тәсілі болып табылады. Жабайы құстардың кейбір өкілдері инфекцияның тасымалдаушысы бола алады және инфекцияның табиғи резервуары ретінде әрекет етеді. Сондықтан ҚЖБ мониторингі жабайы құстар популяцияларында да жүргізілуі керек.

Жобаның мақсаты

Қазақстандағы үй және жабайы құстардың популяцияларында гаммакоронавирустардың қандай генотиптері мен серотиптері айналымда болатынын анықтау және елдегі ҚЖБ-нан болатын экономикалық залалды азайтудың тиімді шараларын әзірлеу.

Күтілетін нәтижелер

• Тыныс алу жолдарының инфекциясының белгілері бар, құс фабрикаларының ауру тауықтарынан алынған үлгілерде ҚЖБ РНҚ анықтау.
• Жабайы құстардан биологиялық үлгілерді жинау, оларда коронавирустардың РНҚ-сын анықтау.
• Шаруашылықтардан құс етінен биологиялық үлгілерді жинау, олардың серологиялық және ПТР талдауын жүргізу.
• Анықталған құстардың коронавирустарына генетикалық сипаттама беру. Коронавирус гаммасының жеке генетикалық нұсқаларының геномдық аймақтарын клондау.
• ҚЖБ бойынша эпидемиологиялық жағдайдың шиеленісіне сәйкес Қазақстан аумағын аймақтарға бөлу және аймақтандыру, тәуекелдерге талдау жүргізу. Қазақстан Республикасында ҚЖБ бақылау бойынша әдістемелік нұсқаулық әзірлеу.

Жоба жетекшісі

Жобаны жүзеге асырушылар (негізгі ғылыми қызметкерлер)

Жигайлов Андрей Викторович, б.ғ.к., доцент – жоба жетекшісі, НЦБ Алматы қаласындағы филиалы  молекулярлық биология зертханасы меңгерушісінің м.а. Хирш индексі: 5. ORCID ID: 0000-0002-9646-033X. Scopus ID: 6508121286. Web of science ID: N-6073-2015.

Бердыгулова Жанна Амировна, PhD-докторанты (биотехнология) – жобаның жауапты жетекшісі, НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Инновациялар және даму департаментінің аға ғылыми қызметкері. Хирш индексі: 5. ORCID: 0000-0003-0379-2472. Researcher ID: I-2943-2018. Scopus ID: 23977664200.

Мальцева Элина Романовна, PhD-докторанты (биотехнология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Биоқауіпсіздік және биоқауіпсіздік бөлімінің бастығы жетекші ғылыми қызметкер.  Хирш индексі: 5. ORCID: 0000-0001-9198-695X. Researcher ID: N-4309-2017. Scopus ID: 57202717826.

Скиба Юрий Александрович, б.ғ.к., (мол. биология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Меңгерушісі руководитель АФ НЦБ. Хирш индексі: 8. ORCID: 0000-0003-4895-1473. Scopus ID: 56677594900. Researcher ID: H-6528-2017.

Мамадалиев Сейдигапбар Мамадалиевич, в.ғ.д. (ветеринария), профессор, НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Сараптама және диагностика зертханасының бас ғылыми қызметкері. H-индекс: 5. ORCID: 0000-0002-7767-0251. Зерттеушінің ID: N-8389-2017. Scopus ID: 37000092700.

Найзабаева Динара Адамжанқызы, PhD-докторанты (биотехнология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Ғылыми қызметкер, Сараптама және диагностика зертханасы. Хирш индексі: 3. ORCID: 0000-0002-0606-4289. Researcher ID:  AAY-5696-2020. Scopus ID: 57218288692.

Бисенбай Акерке Оңғарбайқызы, PhD-докторанты (биотехнология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының, Биоқауіпсіздік және биоқауіпсіздік бөлімінің ғылыми қызметкері. Хирш индексі: 3. ORCID: 0000-0002-7109-2534. Researcher ID:  AAХ-9935-2020. Scopus ID: 57217425178.

Мылышева Ангелина Александровна, PhD-докторанты (генетика), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Молекулярлық биология зертханасының кіші ғылыми қызметкері. Хирш индексі: 3. ORCID: 0000-0002-1876-6878. Researcher ID: GPF-4865-2022. Scopus ID: 58522116700.

Кан София Александровна, PhD-докторанты (биотехнология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Иммунология және иммунобиотехнологиялар зертханасының кіші ғылыми қызметкері. Хирш индексі: 1. ORCID: 0000-0002-1876-6878. Researcher ID: GPF-4865-2022. Scopus ID: 58522116700.

Досмағамбет Жания Маратқызы, магистрант (биотехнология), Алматы қаласындағы филиалының Қауіпті және аса қауіпті инфекциялардың қоздырғыштарын секвенирлеу және геномдық талдау жөніндегі анықтамалық орталықтың  кіші ғылыми қызметкері. ORCID: 0000-0001-6681-4865.

Иванова Карина Руслановна, магистрант (биотехнология), НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Молекулярлық биология зертханасының лаборанты. Хирш индексі: 1. ORCID: 0000-0002-6096-2880. Researcher ID: JML-6091-2023. Scopus ID: 58521600100.

Кулигин Артем Вадимович,          магистрант (биотехнология),  НЦБ Алматы қаласындағы филиалының Иммунология және иммунобиотехнологиялар зертханасының лаборанты. Хирш индексі: 1. ORCID: 0000-0001-5125-3778. Researcher ID: GSE-3325-2022. Scopus ID: 58521988400. Всего – 2 цитирований.

Жоба тақырыбына қатысты жоба жетекшісі мен зерттеу тобы мүшелерінің жарияланымдары мен қорғау құжаттары

1. Zhigailov A.V. (1-й автор), Maltseva E.R., Perfilyeva Y.V., Ostapchuk Y.O., Naizabayeva D.A., Berdygulova Zh.A., Kuatbekova S.A., Nizkorodova A.S., Mashzhan A.S., Gavrilov A.E., Abayev A.Zh., Akhmetollayev I.A., Mamadaliyev S.M., Skiba Y.A. Prevalence a genetic diversity of coronaviruses, astroviruses and paramyxoviruses in wild birds in southeastern Kazakhstan. Heliyon. 2022;8(11):e11324. https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2022.e11324. (IF – 3.665; Web of Science – Q1 (Multidisciplinary Sciences); Scopus CiteScore – 5.4, (82%, Infectious Diseases)).
2. Zhigailov A.V. (1-й автор), Perfilyeva Y.V., Ostapchuk Y.O., Kan S.A., Lushova A.V., Kuligin A.V., Ivanova K.R., Kuatbekova S.A., Abdolla N., Naizabayeva D.A., Maltseva E.R., Berdygulova Z.A., Mashzhan A.S., Zima Y.A., Nizkorodova A.S., Skiba Y.A., Mamadaliyev S.M. Molecular and serological survey of bovine viral diarrhea virus infection in cattle in Kazakhstan. Research in Veterinary Science. 2023;162:104965. https://doi.org/10.1016/j.rvsc.2023.104965. (IF-2.4; Web of Science – Q1 (Veterinary Sciences); Scopus CiteScore – 4.1 (86% General Veterinary)).
3. Zhigailov A.V. (1 автор), Perfilyeva Y.V., Ostapchuk Y.O., Kulemin M.V., Ivanova K.R., Abdolla N., Kan S.A., Maltseva E.R., Berdygulova Zh.A., Naizabayeva D.A., Skiba Y.A., Mamadaliyev S.M. Molecular detection and characterization of bovine viral diarrhea virus type 2 and bluetongue virus 9 in forest flies (Hippobosca equina) collected from livestock in southern Kazakhstan. Veterinary Parasitology: Regional Studies and Reports. 2023;45:100932. https://doi.org/10.1016/j.vprsr.2023.100932. (IF-2.52; Web of Science – Q2 (Veterinary Sciences); Scopus – CiteScore 1.51 (70% General Veterinary)).
4. Zhigailov A.V (1-й автор), Perfilyeva Y.V., Maltseva E.R., Ostapchuk Y.O., Cherusheva A.S., Naizabayeva D.A., Nizkorodova A.S., Berdygulova Zh.A., Mashzhan A.S., Bissenbay A.O., Kuatbekova S.A., Koshemetov Zh.K., Abdolla N., Skiba Y.A., Mamadaliyev S.M. Identification and characterization of bluetongue virus in Culicoides spp. and clinically healthy livestock in southeastern Kazakhstan. Comparative Immunology, Microbiology and Infectious Diseases. 2022;90-91:101895. https://doi.org/10.1016/j.cimid.2022.101895. (IF – 2.729, Web of Science – Q1 (Veterinary Science); Scopus CiteScore – 3.7 (86%, Infectious Diseases)).
5. Zhigailov A.V. (1-й автор), Neupokoyeva A.S., Maltseva E.R., Perfilyeva Y.V., Bissenbay A.O., Turebekov N.A., Frey S., Essbauer S., Abdiyeva K.S., Ostapchuk Y.O., Berdygulova Z.A., Aimbetov R.S., Naizabayeva D.A., Dmitrovskiy A.M., Skiba Y.A., Mamadaliyev S.M. The prevalence of Borrelia in Ixodes persulcatus in southeastern Kazakhstan. Ticks Tick Borne Diseases. 2021;12(4):101716. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2021.101716. (IF – 3.817; Web of Science – Q2 (Infectious Diseases); Scopus CiteScore – 6.5 (72% Infectious Diseases)).
6. Ostapchuk Y.O., Perfilyeva Y.V., Zhigailov A.V., Maltseva E.R., Neupokoyeva A.S., Bissenbay A.O., Berdygulova Z.A., Naizabayeva D.A., Nizkorodova A.S., Shapiyeva Z.Z., Yegemberdiyeva R.A., Kuznetsova T.V., Kuatbekova S., Akanova A., Ismagulova G.A., Mamadaliyev S.M., Dmitrovskiy A.M., Skiba Y.A. Monitoring of pathogenic Borrelia burgdorferi sensu lato in the Almaty oblast, Kazakhstan. Ticks Tick Borne Dis. 2021;12(4):101725.  https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2021.101725. (IF – 3.817; Web of Science – Q2 (Infectious Diseases); Scopus CiteScore – 6.5 (72% Infectious Diseases)).
7. Perfilyeva Y.V., Berdygulova Zh,A., Mashzhan A.S., Zhigailov A.V., Ostapchuk Y.O., Naizabayeva D.A., Cherusheva A.S., Bissenbay A.O., Kuatbekova S.A., Abdolla N., Nizkorodova A.S., Kulemin M.V., Shapiyeva Zh.Zh., Sayakova Z.Z., Perfilyeva A.V., Akhmetollayev I.A., Maltseva E.R., Skiba Y.A., Mamadaliyev S.M., Dmitrovskiy A.M. Molecular and seroepidemiological investigation of Сoxiella burnetii and spotted fever group rickettsiae in the southern region of Kazakhstan. Ticks and Tick-borne Diseases. 2023;14:102240. https://doi.org/10.1016/j.ttbdis.2023.102240. (IF – 3.817; Web of Science – Q2 (Infectious Diseases); Scopus CiteScore – 6.5 (72%, Infectious Diseases)).

Қол жеткізілген нәтижелер

2024 жыл

1. Құс коронавирустарының геномдарының нуклеотидтер тізбегіне компьютерлік талдау жүргізілді. Әмбебап праймерлер құстардың коронавирустарын анықтау (RdRp локус), олардың типтері (Hel locus) және IBV (S локус) генетикалық сипаттамасы үшін таңдалды.
2. Алматы облысынан 10 тауықтан және Қостанай облысынан 10 тауықтан алынған биологиялық үлгілерден (клоакальды және трахеальды жағындылар, трахея үлгілері, өкпе үлгілері) РНҚ-ны бөлініп алынды. РНҚ-дан RT-ПТР арқылы IBV бар-жоғын талдады. 5 тауықтың үлгілері (50%) IBV РНҚ бар екенін көрсетті. Инфекцияның жалғыз немесе аралас екенін тексеру үшін IBV ПТР-оң үлгілері құстардың респираторлық инфекцияларының басқа агенттеріне (NDV, AIV, ILTV, AMPV, WNV, микоплазма және хламидиоз) тексеріледі. Осылайша, Қазақстандағы құс популяциясында алғаш рет тауықтың инфекциялық бронхит вирусы IBV анықталды.
3. Алматы және Жамбыл облыстарындағы 400 жабайы құстардан биологиялық сынамалар (трахеялық және клоакальды жағындылар) алынып, олардың түрлерін анықтау жұмыстары жүргізілді. Жалпы РНҚ барлық үлгілерден бөлініп алынды және құс коронавирустарынан РНҚ бар-жоғына классикалық жартылай ұяшықты RT-ПТР көмегімен сынақтан өтті. Үш RT-ПТР оң үлгілері анықталды (0,75%; 95% CI: 0,15-2,18%). ПТР типтеу жүргізілді, барлық үш үлгі дельтакоронавирустар санатына жатқызылды.

Жарияланымдар мен әдістемелік әзірлемелер

2024 жылға арналған жарияланымдар

1. Kopochenya M., Astemirov B., Ivanova K., Naizabayeva D., Zhigailov A. Newcastle Disease Virus VII.2 First Record in Kazakhstan // American Journal of Animal and Veterinary Sciences. – 2024. – Vol.19, No.3. – P. 290-298. https://doi.org/10.3844/ajavsp.2024.290.298.  (Scopus – 57%; Web of Science – Q3; Impact Factor – 0.99).
2. Жигайлов А., Мальцева Э., Иванова К., Бердыгулова Ж., Гаврилов А., Копоченя М., Скиба Ю. Исследование генетического разнообразия коронавирусов, циркулирующих в популяциях диких и домашних птиц на территории Казахстана // Eurasian Journal of Applied Biotechnology (ISSN: 2617-1147). – 2024. – Т.3S. – С. 151. https://doi.org/10.11134/btp.3S.2024.139. (Astana Biotech 2024 конференциясының тезисі, 12-13 қыркүйек 2024 ж.).