Предлагаемый проект направлен на улучшение контроля над туберкулезом и изучение путей его передачи с особым акцентом на возникновение вспышек МЛУ-ТБ с использованием методов геномной эпидемиологии, мультиомного анализа, и анализа данных с помощью новой биоинформатической платформы. Полногеномный анализ местных изолятов M. tuberculosis будет проводиться, фокусируясь прежде всего на семействе L2. Анализ данных позволит идентифицировать филогенетические и связанные с лекарственной устойчивостью SNP, области делеций и вставок, а также структуру CRISPR. Биоинформатическая платформа позволит с высокой точностью определить кластеры и классифицировать субклады линии L2. Кроме того, геномное тестирование лекарственной чувствительности (ТЛЧ) будет сравниваться с фенотипическим ТЛЧ; а результаты сполиготипирования in silico будут подтверждены масс-спектрометрией.
Туберкулез (ТБ), вызываемый комплексом Mycobacterium tuberculosis (MTBC), представляет собой всемирную проблему для общественного здравоохранения. Согласно недавнему отчету ВОЗ, в 2021 г. в мире было зарегистрировано около 6,4 млн случаев туберкулеза и 1,6 млн смертей по сравнению с 5,8 млн случаев ТБ и 1,5 млн смертей в 2020 г. Кроме того, бремя лекарственно-устойчивого ТБ (ЛУ-ТБ) также увеличилось в период с 2020 по 2021 год. По данным Всемирной организации здравоохранения Казахстан входит в тридцатку стран с высоким уровнем туберкулеза с множественной лекарственной устойчивостью (МЛУ-ТБ). В Казахстане наблюдается тенденция к увеличению числа случаев МЛУ-ТБ по отношению ко всем зарегистрированным случаям ТБ, в то время как оценочная заболеваемость ТБ продолжает снижаться. Пандемия туберкулеза состоит из множества генетических линий, которые развиваются с разной скоростью и накладываются друг на друга. В этом смысле понимание появления вспышек важно для контроля над ними и использования адекватных мер общественного здравоохранения.
Улучшение контроля над туберкулезом и изучение путей его передачи с уделением особого внимания возникновению вспышек МЛУ-ТБ в Казахстане и Центральной Азии с использованием методов геномной эпидемиологии, мультиомного анализа, и анализа данных.
1. Будет сформирована репрезентативная выборка клинических изолятов M.tuberculosis, циркулирующих во всех регионах Республики Казахстан;
2. Изоляты M.tuberculosis семейства L2 будут генотипированы с помощью ПЦР в реальном времени с использованием специфических маркеров для последующего отбора изолятов для полногеномного секвенирования. Будут получены высококачественные полные геномные последовательности местных изолятов M.tuberculosis семейства L2;
3. Будут проанализированы геномные данные выборки клинических изолятов M.tuberculosis семейства L2 с использованием новой разрабатываемой биоинформатической платформы;
4. Будет проведен филогенетический анализ. Проведена кластеризация и классификация изолятов L2. Будет построена матрица эволюционных попарных расстояний;
5. Результаты in silico сполиготипирования клинических изолятов Mtb будут подтверждены с помощью масс-спектрометрии;
6. Будет получен референсный набор мультиомных данных для клинических изолятов M. tuberculosis L2 c множественной лекарственной устойчивостью, а также сравнены транскриптомные и протеомные профили между гипервирулентными и гиповирулентными штаммами с использованием секвенирования РНК и количественного ЖХ-МС/МС.
Тарлыков Павел Викторович, PhD, ассоциированный профессор (http://www.scopus.com/authid/detail.url?authorId=35076539700)