Актуальность

F. tularensis subsp mediasiatica впервые была выделена и описана казахстанским ученым М. Айкимбаевым в 1966 году. Позднее данный подвид регистрировался в Туркменистане. В Казахстане выделение штаммов подвида mediasiatica ограничивается южными областями. Недавнее выделение F. tularensis mediasiatica в Алтайском предгорно-ручьевом очаге туляремии, который охватывает территорию Алтая (Россия) и Восточно- Казахстанской области свидетельствует о недостаточной изученности ареала распространения данного возбудителя. Отсутствие данных о генетическом разнообразии штаммов F. tularensis mediasiatica в Казахстане указывает на актуальность изучения распространенности данного подвида. Задачи данного проекта направлены на уточнение ареала распространения F. tularensis subsp mediasiatica и заполнения белых пятен в знаниях генетического разнообразия штаммов, циркулирующих в Казахстане.

Цель

Изучение ареала распространения и генетического разнообразия штаммов Francisella tularensis subsp mediasiatica, циркулирующих в Казахстане.

Ожидаемые результаты

В результате выполнения проекта будут получены новые данные об ареале распространения Francisella tularensis subsp mediasiatica в Казахстане. Будет проведено полногеномное секенирование не менее 30 штаммов Francisella tularensis subsp mediasiatica. Результаты будут иметь огромное влияние в международной науке, так как появятся новые данные о генетическом разнообразии наименее изученного подвида Francisella tularensis subsp mediasiatica. Полученные результаты помогут лучше понять эволюции вида F. tularensis.

Полученные нуклеотидные последовательности полных геномов будут опубликованы в базах данных с открытым доступом, что позволит любому ученому использовать данные с указанием авторства.

Социальный, экономический, научно технический эффект заключается в внедрении в клиническую практику протокола, позволяющего идентифицировать Francisella tularensis и подвид Francisella tularensis subsp mediasiatica методом ПЦР с детекцией в режиме реального времени непосредственно в биологическом материале, что значительно упростит проведение санитарно-эпидемиологического мониторинга за туляремией.

Целевыми потребителями результатов являются медицинские и ветеринарные лаборатории, занимающиеся диагностикой и мониторингом особо опасных инфекций, а также государственные органы, осуществляющие контроль благополучия за данными инфекциями.

Будут опубликованы статьи в рецензируемых научных изданиях, индексируемых Science Citation Index Expanded базы Web of Science и (или) имеющих соответствующий процентиль по CiteScore в базе Scopus в количестве, соответсвующем одному из требований пункта 7 подпункта 1 конкурсной документации (Для отраслей в области естественных наук: для фундаментальных исследований)

Руководитель проекта

Шевцов Александр Борисович, кандидат биологических наук, заведующий лабораторией прикладной генетики ТОО «Национальный центр биотехнологии». Индекс Хирша 7 по (Scopus); http://orcid.org/0000-0002-0307-1053 https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=57201604158

Члены исследовательской группы

Лухнова Лариса Юрьевна — доктор медицинских наук, главный научный сотрудник лаборатории зоонозных бактериальных инфекций РГП «Национальный научный центр особо опасных инфекций имени. Масгута Айкимбаева» МЗ РК; Индекс Хирша 7 по (Scopus); • ORCID: https://orcid.org/0000-0002-5818-8021. Scopus Author ID 35783395900

Избанова Уинкуль Айтеновна – кандидат медицинских наук, заведующая лабораторией зоонозных бактериальных инфекций, РГП «Национальный научный центр особо опасных инфекций имени. Масгута Айкимбаева»; Индекс Хирша (Scopus/WoS) = 2. ORCID: h https://orcid.org/0000-0002-4616-8728. Scopus Author ID: 57203803869

Амиргазин Асылулан Оразгалиевич, младший научный сотрудник лаборатории прикладной генетики ТОО «Национальный центр биотехнологии»; Индекс Хирша (Scopus) = 1. ORCID: https://orcid.org/0000-0001-9418-7758. Scopus Author ID: 57218628470

Тұрсұнбай Найля Ерланқызы лаборант лаборатории прикладной генетики ТОО «Национальный центр биотехнологии»;

Даулетов Аян Ерболатович лаборант лаборатории прикладной генетики ТОО «Национальный центр биотехнологии» МЗ РК;

Публикации и охранные документы по теме проекта

1. Amirgazin A., Shevtsov A., Karibayev T., Berdikulov M., Kozhakhmetova T., Syzdykova L., Ramankulov Y., Shustov A.V. Highly pathogenic avian influenza virus of the A/H5N8 subtype, clade 2.3. 4.4 b, caused outbreaks in Kazakhstan in 2020. PeerJ 10 (2022): e13038. https://doi.org/10.7717/peerj.13038. PMID: 35256921. Web of Science Q2, Процентиль – 63, IF-984. Цитирование – 0.
2. Shevtsov A., Lukhnova L., Izbanova U., Vernadet J.-P., Kuibagarov M., Amirgazin A., Ramankulov Y., Vergnaud G. Bacillus anthracis Phylogeography: New Clues From Kazakhstan, Central Asia. Frontiers in microbiology 12 (2021). https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.778225. PMID: 34956141. Web of Science Q1, Процентиль – 78, IF-64. Цитирование – 1.
3. Shevtsov V., Kairzhanova A., Shevtsov A., Shustov A., Kalendar R., Abdrakhmanov S., Lukhnova L., Izbanova U., Ramankulov Y., Vergnaud G. Genetic diversity of Francisella tularensis subsp. holarctica in Kazakhstan. PLoS Neglected Tropical Diseases 15.5 (2021): e0009419. https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0009419. Web of Science Q1, Процентиль – 86, IF- 4.411. Цитирование – 0.
4. Syzdykova L.R., Binke S., Keyer V.V., Shevtsov A.B., Zaripov M.M., Zhylkibayev A.A., Ramanculov E.M., Shustov A.V. Fluorescent tagging the NS1 protein in yellow fever virus: Replication-capable viruses which produce the secretory GFP-NS1 fusion protein.» Virus Research 294 (2021): 198291. https://doi.org/10.1016/j.virusres.2020.198291. Web of Science Q3, Процентиль – 61, IF- 3.303. Цитирование – 1.
5. Nurmakhanov T., Sansyzbaev Y., Atshabar B., Berlin V., Kobzhasarov D., Yeskhojayev O., Vilkova A., Ayazbayev T., Andryuchshenko A., Bidashko F., Hay J., Shvetsov A. Phylogenetic characteristics of West Nile virus isolated from Culex modestus mosquitoes in West Kazakhstan. Frontiers in public health 8 (2021): 1089. https://doi.org/10.3389/fpubh.2020.575187. Web of Science Q2, Процентиль – 56, IF-3.709. Цитирование – 1.
6. Khassanov V.T., Beisembina B., Shevtsov A.B., Amirgazin A.O., Vologin S.G., Karasev A.V. Occurrence of three recombinant strains of potato virus Y in potato in Kazakhstan. Plant Disease 104.1 (2020): 297. https://doi.org/10.1094/PDIS-03-19-0573-PDN. Web of Science Q1, Процентиль – 71, IF- 4.438. Цитирование – 1.
7. Keyer V.V., Shevtsov A.B., Zaripov M.M., Baltabekova A.Z., Ramanculov E.M., Shustov A.V. Towards development of plasmacytoma cells-based expression systems utilizing alphavirus vectors: An NS0-VEE model.» Journal of virological methods 274 (2019): 113734. https://doi.org/10.1016/j.jviromet.2019.113734. Процентиль – 39, Цитирование – 0.
8. Abeev A., Zhylkibayev A., Kamalova D., Kusheva N., Nusupbaeva G., Tleumbetova N., Smagul M., Beissenova S., Aubakirova S., Kassenova Z., Demessinova B., Amanbayev A., Ramankulov Y., Shevtsov A. Epidemiological outbreaks of measles virus in Kazakhstan during 2015. Japanese journal of infectious diseases (2018): JJID-2017. https://doi.org/10.7883/yoken.JJID.2017.565. Web of Science Q4, Процентиль – 43, IF-362. Цитирование – 2.
9. Shevtsova E., Vergnaud G., Shevtsov A., Shustov A., Berdimuratova K., Mukanov K., Syzdykov M., Kuznetsov A., Lukhnova L., Izbanova U., Filipenko M., Ramankulov Y. Genetic diversity of Brucella melitensis in Kazakhstan in relation to world-wide diversity. Frontiers in Microbiology (2019): 1897. https://doi.org/10.3389/fmicb.2019.01897. Web of Science Q1, Процентиль – 84, IF- 5.64. Цитирование – 12.
10. Shevtsov, A., Syzdykov, M., Kuznetsov, A., Shustov, A., Shevtsova, E., Berdimuratova, K., & Ramankulov, Y. (2017). Antimicrobial susceptibility of Brucella melitensis in Kazakhstan. Antimicrobial Resistance & Infection Control, 6 (1), 1-5. https://doi.org/10.1186/s13756-017-0293-x. Web of Science Q1, IF- 4.8. Цитирование – 7.